È un presupposto comune che sistemi idroponici agricoli che per la maggior parte sono racchiusi sono privi di parassiti e altre malattie che causano gli organismi. Questo tuttavia non è vero. A causa dell'assenza di controlli ambientali naturali sistemi idroponici possono essere infettati con popolazioni di parassiti che possono diffondersi molto rapidamente se non dati attenzione immediatamente.
Gli acari del ragno sono disturbi comuni che crescono sulle piante in terreno meno sistemi. Cresce sul lato inferiore delle foglie che possono cominciare infettare piante inosservato. Per evitare che gli acari del ragno cresce ancora, spruzzare le foglie con una soluzione di olio di rosmarino o di pesticidi a base di olio di rosmarino è raccomandato e quindi sono a base di piretrina spray (Estratto di fiori di crisantemo).
Pyrethrinsprays hanno ben poco effetto sulla qualità di sapore di frutta e verdura, ma gli acari del ragno può sviluppare una resistenza ad esso se usato frequentemente. Olio di Neem è utilizzabile anche per controllare gli acari del ragno, anche se dovrebbe essere spruzzati sulle piante prima fruttificazione o fioritura comincia dal momento che il sapore del frutto in via di sviluppo può essere influenzato.
Altri tipi di parassiti vegetali come funghi possono causare danni alle piante nei sistemi idroponici come bene. Una cura per tutti gli usi dell'acqua, bicarbonato di sodio, succo di limone e una molto piccola quantita ' di detersivo per piatti spruzzato sulle parti interessate delle piante ha dimostrato di essere efficace. Quando usando questa soluzione è importanta assicurarsi che tutte le zone di aprire per la soluzione nutritiva sono adeguatamente coperti così che le bolle di sapone non sviluppare la soluzione nutritiva. Un altro approccio per tutti gli usi per controllare parassiti vegetali è la miscela di Bordeaux che è composto di terra calce e solfato di rame. Questa soluzione anche se provato e testato per più di un secolo nel controllare efficacemente la crescita fungina tuttavia non è molto organica.
Un altro approccio per impianto di controllo delle malattie che è ideale per l'utilizzo in sistemi idroponici è conosciuto come killer biologico fungo che è fondamentalmente l'uso di biofiltri e non modificati batteri e funghi per allegare pianta infestazione. Questo metodo è efficacia in quattro modi. Biofungicides attacco causando organismi di produzione di composti chimici che interferiscono con la malattia e infine uccidere la malattia che l'organismo.
Biofungicides può anche consumare il cibo dei parassiti o utilizzare lo spazio vivente per debellare completamente il parassita. Questi possono anche nutrire direttamente sul fungo o parassita usando come un host. Infine, biofungicides può produrre antibiotici naturali che possono elevare la capacità della pianta di resistere a malattie. Questi organismi naturali fungo-uccisione sono più sicuro e più stabile quando si tratta di stoccaggio rispetto alle sostanze chimiche tossiche. Non sono tossici per le piante troppo nonostante uso ripetuto. Tuttavia, questi prodotti chimici hanno loro svantaggi pure. Gli organismi hanno una gamma più ristretta di destinazione, richiedono più preparazione prima del loro uso e hanno una durata più breve rispetto ai prodotti chimici.